Підготовка в докторантурі ХНУМГ ім. О. М. Бекетова здійснюється відповідно до Постанови Кабінету Міністрів України від 23 березня 2016 р. № 261 "Про затвердження Порядку підготовки здобувачів вищої освіти ступеня доктора філософії та доктора наук у вищих навчальних закладах (наукових установах)" та передбачає виконання особою відповідної наукової програми ХНУМГ ім. О. М. Бекетова за певною спеціальністю та проведення власного наукового дослідження. Невід’ємною складовою наукової програми докторантури є підготовка та публікація наукових статей.

Докторанти проводять наукові дослідження згідно з індивідуальним планом наукової роботи, в якому визначаються зміст, строки виконання та обсяг наукових робіт, а також запланований строк захисту дисертації протягом строку підготовки в докторантурі.

Індивідуальний план наукової роботи погоджується здобувачем з його науковим консультантом та затверджується вченою радою ХНУМГ ім. О. М. Бекетова протягом двох місяців з дня зарахування здобувача.

Індивідуальний план наукової роботи є обов’язковим до виконання здобувачем відповідного ступеня і використовується для оцінювання успішності запланованої наукової роботи. Наприкінці першого року докторанти звітують про хід його виконання на Науково-технічній раді університету із залученням гаранта та членів проектної групи із відповідної спеціальності. Заключна атестація докторанта (наприкінці другого року) здійснюється постійно діючою спеціалізованою вченою радою з відповідної спеціальності.

Порушення строків виконання індивідуального плану наукової роботи без поважних причин, передбачених законодавством, може бути підставою для ухвалення вченою радою ХНУМГ ім. О. М. Бекетова рішення про відрахування докторанта.

Особа, яка раніше навчалася в докторантурі за державним замовленням і не захистилася або була відрахована з неї достроково, має право на повторний вступ до докторантури за державним замовленням лише за умови відшкодування коштів, витрачених на її підготовку, у визначеному Кабінетом Міністрів України порядку.

Протягом строку перебування в докторантурі докторант зобов’язаний захистити результати своїх наукових досягнень у вигляді дисертації, або опублікованої монографії, або наукової доповіді за сукупністю статей, опублікованих у вітчизняних і міжнародних рецензованих фахових виданнях, перелік яких затверджується МОН, у спеціалізованій вченій раді.